Возможности SAM tools

• Достаточно гибок чтобы хранить все выравнивания от разных программ.
• Достаточно прост чтобы генерировать выравнивания программ или преобразовывать из существующего формата выравниваний.
• Компактный размер файла.
• Позволяет большинство операций по выравниванию работать на потоке без загрузки всех выравниваний в память.
• Allows the file to be indexed by genomic position to efficiently retrieve all reads aligning to a locus.