Обновлено: 23.02.2016 - 13:36

Система молекулярной визуализации с 3D графикой на основе OpenGL.
Свободная система визуализации молекул, созданная Уоррен Лифорд Делано и коммерческой компанией DeLano Scientific LLC, которая занимается созданием полезных научных программ для образовательных целей. В настоящее время, PyMOL имеет коммерческую поддержку от Schrödinger, Inc PyMOL может производить высококачественные 3D изображения небольших молекул и биологических макромолекул , таких как белки. Согласно автору, было сделано почти четверть всех опубликованных в научной литературе трёхмерных структур белков.

PyMOL является одним из немногих Open Source инструментов визуализации для структурной биологии. Py часть имени программы говорит о том что используется язык программирования Python.
PyMOL использует OpenGL Extension Wrangler Library (GLEW) и Freeglut, и может решать уравнения Пуассона-Больцмана. PyMOL использует Tk для GUI виджетов, родные Aqua бинарники для OS X можно найти у Schrödinger.

Несвободные бинарники

Первого августа 2006 года DeLano Scientific принимает систему контроля загрузок для предварительно скомпилированных бинарных сборок. Доступ к этим бинарным сборкам в настоящее время ограничен для платёжеспособных клиентов, но свободен для студентов и преподавателей. Тем не менее, исходный код продолжает быть доступным бесплатно, а взрослые могут заняться компиляцией. В то время как для других операционных систем системы сборок открыты и бесплатны, для Windows нет (но бинарники PyMOLпод Windows можно скачать бесплатно)

Не студенты и не преподаватели могут скомпилировать PyMOL самостоятельно или подписаться на коммерческую поддержку PyMOL чтобы получить готовые бинарные сборки.

Пример некоторых молекулярных функций редактирования PyMOL. Диэдральное вращение связей и интерактивные молекулярные релаксации в режиме скульптуры, эти функции полезны для подготовки геометрии для приложений по квантовой химии.



Такая же структура белка ( ТРВ протеазы - PDB : 1LVB ) оказывается в различных режимах. Стандартная карикатура, сквозная поверхность, выделенный баррелей, ' QuteMol '-like, 'Goodsell'-like, глянцевая поверхность и b-factor putty.

https://en.wikipedia.org/wiki/PyMOL

------------------------
Восстановление сайтов из Вебархива
Размещение по доскам объявлений России
ТРИО теплый пол отзыв
Заработок на сокращении ссылок
Earnings on reducing links
Код PHP на HTML сайты

Категория: Биоинформатика, 3D-рендеринг

Лицензия:
Python License (CNRI Python License)


Интерфейс  графический
Язык программирования:
Python, C, Tcl
Сайт проекта
Скачать PyMOL